Après avoir pris Angers sans difficulté le 23 juin, l’armée catholique et royale est menée, le 29 juin, à l’attaque de Nantes qui est protégée par le maire Baco. Le nouveau généralissime se présente devant la ville de Nantes à la tête de 40 000 hommes, tandis que Charette doit le seconder avec 10 000 insurgés du Pays de Retz et du Bas-Poitou, au sud de la ville. Cette expédition est mal combinée, elle vient échouer contre les efforts des habitants et d’une garnison de 12 000 hommes. Le 29, Jacques Cathelineau, qui attaque la porte de Rennes, pénètre jusqu’à la place Viarme où un coup de feu, tiré d’une fenêtre, le blesse. Voyant leur chef grièvement frappé, les Vendéens reculent et sont défaits.
Au soir du 29 juin, alors que retentissent les derniers coups de feu, Cathelineau est transporté sur une civière en direction de Saint-Florent-le-Vieil. Ses proches accourent, bien que l’on juge son état sans gravité. Le 13 juillet, une fièvre violente empire son mal. Il meurt le 14 juillet 1793. Sa dépouille gît en la chapelle Cathelineau à Saint-Florent-le-Vieil.